Οι περιορισμοί της φαρμακευτικής και χειρουργικής θεραπείας της ενδομητρίωσης έχουν οδηγήσει μερικές γυναίκες, στο να εξερευνήσουν άλλους είδους επιλογές, τις λεγόμενες συμπληρωματικές ή εναλλακτικές θεραπείες.
Τέτοια παραδείγματα είναι ο βελονισμός, οι θεραπείες της συμπεριφοράς, η διατροφή, τα συμπληρώματα διατροφής, οι βιταμίνες και τα μέταλλα, προγράμματα που τα τρέχουν οι ίδιοι οι ασθενείς, διάφορα φάρμακα, ρεφλεξολογία, ομοιοπαθητική και ψυχοθεραπεία.